在两汉时期，特别是西汉的经学体系中，潜藏着一个根本性的矛盾，这一矛盾长久以来并未得到充分的揭示。直到清朝考据学的兴起，这一深层次的学术分歧才开始逐渐浮出水面。晚清学者廖平，是首位系统性地探讨并试图解析这一矛盾的学者之一。
廖平通过对比“今文”与“古文”的差异，试图揭示这一系统性矛盾的根源。他提出了一个颇具争议的观点，认为王莽篡汉时，为了增强政权的合法性，可能指使刘歆伪造了古文五经。廖平将自己的研究成果汇编成《今古学考》一书，并分享给了康有为。然而，康有为在未征得廖平同意的情况下，大幅扩展了书中的内容，并于1891年出版了《新学伪经考》。这一举动不仅让康有为声名鹊起，也使得“伪经”之说广为流传，尤其是在甲午战争后，这一观点与中国战败的现实相呼应，进一步动摇了学术界对五经的信心。
廖平对康有为的行为表示强烈不满，指责其抄袭了自己的理论。而康有为则对此保持沉默，反而借此机会声名大噪。廖平的学生蒙文通，继承师志，继续深入探究这一经学矛盾的根源。他提出了“文化三系说”，认为中国文化体系本就存在三大流派，不同文化体系对同一事物的认知差异，是导致这一矛盾的根本原因。
蒙文通的理论颇具创新性，他将经学中的矛盾解释为文化冲突，这一观点为学界提供了新的解读视角。他认为，中国文明是由多元文化体系融合而成，这一观点逐渐得到了考古学的支持和验证。现代考古学的研究表明，中国文明确实是由多个文化体系共同融合的产物，这使得蒙文通的理论成为了现代考古学的经典之一。
实际上，今古文之争的矛盾在清朝之前并未充分显现。西汉时期，五经尚未完全成书，多以口耳相传的方式传承。这一时期的“师法”制度，依据口传的传承关系来确定知识的权威性和可靠性。师承关系越长，所传授的知识就越被认为有历史背景和权威。直到西汉末期，五经的文字化工作才基本完成，学术界对知识权威性的判断方式也逐渐从依赖口传转向注重文献证据。
东汉时期，虽然郑玄等人尝试对经学进行统一，但由于不同流派和家法之间的矛盾并未得到根本解决，这种统一只是形式上的。进入魏晋南北朝时期，佛教的传入使得儒家经学逐渐衰退，佛学成为主流。唐朝的儒学已经缺乏深入研究经学深层次矛盾的动力，宋明时期理学成为主流，儒家经典的地位相对降低，古代经学的矛盾问题逐渐被忽视。
到了清朝，为了反对宋明理学的空谈，学者们决定重建经学，回归孔孟原意。他们采用考据学的方法，重点研究两汉时期的学问。这一过程中，五经体系中的矛盾被更加清晰地揭示出来。廖平首次以今古文的角度分析这一系统性矛盾，并尝试解释其产生的原因。他的研究为后来的学者提供了新的视角和思路。
对于今古文问题的深入探讨，有学者认为，外来文化的冲击，尤其是西方文化的影响，可能是这一矛盾的根本原因。这一观点结合了蒙文通的理论和考据学的证据，认为不同文化之间的冲突和融合是造成今古文问题的核心所在。这一分析为今古文问题提供了新的解读视角，将其从经学中的矛盾问题转化为中西文化冲突与融合的问题。
总的来说，今古文之争的实质是基于两汉时期经学体系中存在的系统性矛盾。这一矛盾的产生至今未能找到明确的解释，尽管现代考古学在这一领域已经取得了重要进展。要想复兴中国传统文化，必须深入探究这一矛盾的根源，并确定其中哪一方的解释最为准确。
